Nueva tesis en Dadun sobre la adaptación de la vid al cambio climático

La tesis «Aclimatación fotosintética, producción y calidad de plantas de vid (Vitis vinifera L.) de la variedad Tempranillo Tinto y Blanco, cultivadas en diferentes escenarios de cambio climático», defendida por Tefide Kizildeniz y dirigida por Juan José Irigoyen y Fermín Morales, ya se puede consultar en acceso abierto.

Handlehttps://hdl.handle.net/10171/62774

Atmospheric CO2 concentration has increased from preindustrial level of 280 μmol CO2 mol-1 air (ppm) to currently more than 400 ppm. Intergovernmental Panel on Climate Change foresees that atmospheric CO2 concentration will continue increasing to reach at the end of this century 700 ppm. Due to its greenhouse effect, elevated atmospheric CO2 concentration is leading to higher atmospheric temperatures, a phenomenon that is being accompanied by episodes of less water availability or drought periods. Grapevine (Vitis vinifera L.) is a plant species very sensitive to those environmental factors. Fruit-bearing cuttings of red and white Tempranillo were grown under elevated CO2 (around 700 ppm, versus 400), high temperature (ambient temperature + 4ºC, versus ambient) and water deficit (cyclic drought, versus well irrigated) in temperature gradient greenhouses located at the University of Navarra (Pamplona, Spain) for three consecutive growing seasons (years 2013, 2014 and 2015). Vegetative growth (total vegetative mass and leaf area) was significantly reduced by drought (consistent the three years) and was more associated to a worse substrate water status than to decreases in leaf water content. In spite of decreasing leaf water content in both cultivars, elevated CO2 stimulated more vegetative than reproductive growth. The largest increases of elevated CO2 were observed in leaf and root growth in white and red Tempranillo, respectively. There was a clear interaction between temperature and water availability. Yield was significantly reduced by drought and was year-dependent, being especially low in 2015 due to eventual heat shocks episodes. The high temperatures of the heat shocks (above 35ºC) induced berry burn and browning and finally loss of 50% of the berries. The response of berry quality to climate change-related factors was highly variable and depended on the year. However, some general conclusions can be reached from the three years of experimentation. Thus, the simulated climate change scenarios affected to a greater extent the technological maturity parameters (primary metabolism) than the phenolic maturity (secondary metabolism). In particular, high temperature and drought significantly and consistently increased must pH, due to the decrease in malic acid. On the contrary, elevated CO2 decreased pH associated with significant increases in tartaric acid. These changes of the must affect its quality and potentially that of the resulting wine. Under elevated CO2 concentration, grapevine photosynthesis increases, modulated by temperature and water availability. However, under prolonged exposure to elevated CO2, grapevine down-regulates photosynthesis, decreasing photosynthetic capacity. Grapevine plants underwent photosynthetic acclimation after a long exposure to elevated CO2, regardless of temperature and water availability. Evidence comes from photosynthetic capacity decreases, leaf starch accumulation, and increases in leaf carbon/nitrogen ratio. Photosynthetic acclimation was well correlated to leaf starch, but not to soluble sugars. The white Tempranillo has altered its response to prolonged exposure to elevated CO2. For any given sink size or any given leaf starch accumulation, white Tempranillo always had higher levels of photosynthetic acclimation than the red one. Data suggest that mutation in white Tempranillo has affected loci other than grape color. 

FAIR-Aware, una herramienta para evaluar datos de investigación

FAIR-Aware es una nueva herramienta que nos ayuda a valorar cómo de FAIR son nuestros datos antes de depositarlos en un repositorio de datos. El acrónimo FAIR recoge las cuatro características deseables en un conjunto de datos de investigación: localizables, accesibles, interoperables y reutilizables.

Consta de 19 preguntas pensadas para que los investigadores tomen consciencia de los principios FAIR y para que puedan evaluar sus datos. Esta herramienta ha sido diseñada por los integrantes del proyecto FAIRsFAIR, financiado por la Unión Europea a través del programa Horizon 2020.

 

Nuevo portal europeo de datos abiertos sobre COVID-19

La Unión Europea ha abierto un portal de datos de investigación sobre el COVID-19 en el que los investigadores pueden compartir sus datos en abierto, con el fin de acelerar la investigación contra la pandemia.

Este portal, denominado COVID-19 Data Portal, es una de las diez acciones prioritarias para una investigación y acciones coordinadas desarrolladas en el documento de trabajo publicado por la Unión Europea bajo el título First «ERAvsCorona» action plan, publicado el pasado 7 de abril. Entre las  acciones propuestas están el acceso a las infraestructuras de investigación, entre las que se encuentran los datos de investigación, y la creación de una infraestructura para el intercambio de datos conectada con el European Open Science Cloud.

«Se debería pedir a los investigadores que proporcionen acceso inmediato y completamente abierto y que compartan sus resultados de investigación (datos, modelos, flujos de trabajo, resultados) de manera que sean todo lo FAIR (encontrables, accesibles, interoperables y reutilzables) como sea posible en tiempo real», recoge el documento.

Esta se suma a otras infraestructuras de investigación que la Unión Europea ha desarrollado durante estos años y que ahora, más que nunca, demuestran su gran valor estratégico.

COVID-19 Data Portal

Principios FAIR: buenas prácticas para datos abiertos de investigación

Con el objetivo de desarrollar la filosofía de la Ciencia Abierta, la Comisión Europea requiere, desde enero de 2017, que todos los proyectos financiados con el Programa Horizonte 2020, salvo excepciones justificadas, garanticen el acceso abierto a los datos de investigación.

Junto al requerimiento de desarrollar un plan de gestión de datos de investigación, hay que depositar en abierto estos datos siguiendo los principios FAIR (acrónimo de Findable, Accessible, Interoperable y Reusable), que se publicaron en 2016 en la revista Scientific Data de Nature, en el artículo Principios FAIR para el manejo y administración de datos científicos.

Los principios FAIR consisten en un conjunto de cualidades para conseguir que los datos sean:

  1. Encontrables: asignando un identificador único y persistente DOI o handle, describiendo los datos con metadatos enriquecidos, incluyendo el identificador asignado e indexándolos en un recurso de búsqueda.
  2. Accesibles: utilizando protocolos estandarizados de comunicación que sean abiertos y gratuitos. Cuando los datos no puedan ser abiertos por razones de privacidad, seguridad nacional o intereses comerciales, el protocolo debe permitir procedimientos para la autentificación y la autorización.
  3. Interoperables: los metadatos deben utilizar formatos, lenguajes y vocabularios acordados por la comunidad y contener enlaces a información relacionada mediante identificadores.
  4. Reutilizables: asignando metadatos con atributos que proporcionen información contextual y metadatos de información sobre su procedencia. Deben utilizar una licencia abierta y legible por ordenador y estándares que use la comunidad del dominio concreto, para permitir su reutilización.

Principios FAIR.

Imagen: Australian National Data Services.

Publicar los datos de investigación en acceso abierto y siguiendo los principios FAIR permite cumplir con el siguiente lema: «as open as possible, as closed as necessary». Nos recuerda la importancia de hacer los datos abiertos en la medida en que sea posible, y lo necesariamente cerrados para proteger los datos personales, sensibles, médicos, de salud, datos relacionados con temas de confidencialidad, de seguridad o en caso de que puedan ser explotados comercialmente o industrialmente.

Vídeo y presentación de la conferencia de la Semana del Acceso Abierto

Se han publicado en Dadun el vídeo y la presentación de la conferencia impartida por Tony Hernández el pasado 23 de octubre, con motivo de la Semana del Acceso Abierto. Se pueden consultar en la siguiente dirección: http://hdl.handle.net/10171/55403

El título de la conferencia fue Los datos abiertos en el contexto de un nuevo sistema de comunicación y evaluación científica y en ella respondió a varias cuestiones prácticas sobre cómo gestionar datos de investigación, como dónde depositarlos, o cómo debe ser un plan de gestión de datos, que algunos proyectos exigen.

La experiencia de compartir datos de investigación en un repositorio: el punto de vista de los investigadores

Silvia Carlos y Alex Armand son dos investigadores de la Universidad de Navarra con algo en común: ambos han compartido datos de investigación en un repositorio y nos han explicado cómo fue su experiencia.

Silvia Carlos Chillerón.

Para Silvia Carlos Chillerón, profesora e investigadora del Instituto de Salud Tropical (ISTUN), el proceso fue sencillo y breve, siguiendo los pasos que el repositorio escogido le indicaba. Sin embargo, se encontró con el inconveniente de no tener información previa: «creo que mi falta de experiencia y la falta de información al respecto llevan a hacer algo sin pleno conocimiento del objetivo y las consecuencias de depositar públicamente datos». En su caso, el motivo para depositar los datos fue que la revista en la que publicaba, PlosOne, lo estipulaba como un requisito imprescindible.

 

Alex Armand.

Alex Armand, investigador del Navarra Center for International Development (NCID) del ICS, también se encontró con la necesidad de depositar los datos de su investigación, pero en su caso por requisito de la institución que financiaba el proyecto. Tal y como ha explicado, un trabajo adicional que tuvo que acometer consistió en hacer que los datos compartidos fueran interpretables por terceros, ya que la finalidad última es «permitir que otros investigadores repliquen los resultados o usen los datos en otras investigaciones». Esta es precisamente una de las características para que los datos sigan los principios FAIR (acrónimo de Findable, Accessible, Interoperable y Re-usable).

Armand opina que un incentivo para compartir datos y depositarlos en acceso abierto es que sean citables, «de manera similar a los artículos», algo que actualmente no es habitual en muchas áreas de investigación. Desde su punto de vista, «esto sería un incentivo mayor para que el investigador invierta más tiempo en el acceso público a los datos que recogió.»

¿Has depositado en un repositorio los datos resultantes de tus investigaciones? ¿Cómo ha sido la experiencia?