Parada de Dadun, 12 de septiembre

El día 12 de septiembre, a las 8:30 h., Dadun dejará de funcionar durante media hora, aproximadamente, por cuestiones de mantenimiento.

Les pedimos disculpas por las molestias que esto pueda ocasionar.

Imagen: Pixabay.

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Nos vamos de vacaciones

En el mes de agosto nos vamos de vacaciones, volveremos en septiembre con nuevos contenidos. ¡Disfruten del verano!

FAIR x FAIR: informe sobre repositorios de datos de investigación

Las universidades catalanas, agrupadas en el Consorci de Serveis Universitaris de Catalunya (CSUC), dan un servicio de apoyo a la gestión de datos de investigación desde septiembre de 2016. Con el fin de identificar los requisitos funcionales que deben cumplir los repositorios de datos realizaron varias entrevistas con expertos cuyos resultados se publican en el informe FAIR x FAIR. Requisitos factibles, alcanzables e implementables para un repositorio de datos de investigación FAIR.

Los requisitos funcionales definidos en este informe se agrupan en los siguientes apartados: identificadores persistentes, alta capacidad de almacenamiento, prestaciones preservación, interoperabilidad con otros sistemas y gestión de características especiales.

Entre las ideas compartidas por los expertos a través de este informe están las siguientes:

  • La gestión de datos de investigación es un tema aún incipiente, y por lo tanto será necesario adaptar los requisitos funcionales de los repositorios de datos con el tiempo.
  • Se recomienda crear una infraestructura de datos de investigación en Cataluña, que cumpla los principios FAIR, con el fin de «generar experiencia y buenas prácticas», a pesar de que ya existen repositorios de datos a nivel Europeo.
  • La creación de una infraestructura debe ir acompañada de buenas prácticas, como el uso de estándares o el fomento de los datos abiertos, entre otras.

Nuevas colecciones en Dadun: informes de la Unidad de Bibliometría

Se han creado nuevas colecciones en Dadun dedicadas a los informes que publica la Unidad de Bibliometría: Indicadores bibliométricos y MetricsUN.

La Memoria de indicadores bibliométricos recoge los principales datos de la producción científica de la Universidad de Navarra. La última publicada proporciona información sobre los datos de 2018.

MetricsUN es una serie de  informes breves en los que se destacan datos relevantes sobre la producción científica de la Universidad, como los mejores artículos en WoS, la colaboración internacional o las revistas del Servicio de Publicaciones.

La Unidad de Bibliometría, integrada en el Servicio de Bibliotecas, cumple una doble función de estudio y análisis de la producción científica de la Universidad y de apoyo al personal investigador y a los diversos centros en la mejora de la visibilidad e impacto de la investigación.

medRxiv: repositorio de preprints de salud

El 25 de junio se lanza medRxiv, un servicio gratuito de archivo y distribución en línea de preprints de ciencias de la saludPermitirá a los investigadores compartir sus manuscritos originales ya antes de que sean revisados por pares y publicados en revistas científicas, facilitando la difusión temprana de nuevos hallazgos y la comunicación que ayude a los autores a mejorar el artículo final. medRxiv es un servicio creado por Cold Spring Harbor Laboratory, BMJ y la Universidad de Yale.

Todos los manuscritos se someten a un proceso básico de selección de contenido: que no sea ofensivo, que sea científico y que no suponga un riesgo para la salud. También se comprueba si existe plagio. Un manuscrito puede ser subido a medRxiv antes o a la vez de su envío a una revista, pero no será publicado si ya ha sido aceptado o publicado en ella. Una vez depositado en medRxiv, los manuscritos reciben un número DOI, por lo que son buscables, citables e indexados por numerosos motores de búsqueda. medRxiv se reserva el derecho de negarse a publicar cualquier preprint por cualquier motivo.

Teniendo en cuenta que son documentos que no han sido revisados por pares no se deben utilizar en la práctica clínica, ni como consejos de salud ni como información confirmada en los medios de comunicación. Los originales se pueden depositar desde el día 6 de junio (hay que registrarse primero).

Gracias a Universo abierto por la información.

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Tesis en acceso abierto sobre la migración de células de cáncer de pulmón

Esta tesis de Carlos Castilla Ruiz titulada “Design and validation of advanced image analysis tools for the quantification of cancer cell migration in microfuidic microdevices” y dirigida por Carlos Ortiz-de-Solorzano presenta el diseño y la validación de herramientas avanzadas de análisis de imagen y de aprendizaje automático para el análisis cuantitativo de la migración tridimensional (3D) de células de cáncer de pulmón. Estas herramientas se utilizaron para estudiar el papel que tiene la composición y las propiedades morfológicas y mecánicas del microambiente en la migración de células cancerígenas. Los experimentos de migración celular se llevaron a cabo usando modelos celulares in vitro consistentes en dispositivos microfluídicos hechos a medida, los cuales proporcionan un alto nivel de control de las propiedades del microambiente, ofrecen propiedades óptimas para la observación microscópica y aseguran el uso apropiado de reactivos debido a sus dimensiones microscópicas. Las diferentes condiciones ambientales de la migración se simularon embebiendo las células en hidrogeles biomiméticos de diferente composición y, por lo tanto, con diferentes propiedades morfológicas y mecánicas. Estos hidrogeles actúan como la matriz extracelular 3D (MEC) de las células. En concreto, se han utilizado hidrogeles hechos de colágeno puro tipo I para simular el tejido conectivo normal e hidrogeles de una composición mixta de colágeno y Matrigel para simular la membrana basal desorganizada en el frente de invasión del cáncer. Los experimentos de migración realizados dentro de los hidrogeles se realizaron con y sin estimulación con suero para determinar el papel de los factores de crecimiento extrínsecos e intrínsecos del hidrogel en la migración celular. Además, se realizaron experimentos de migración con y sin bloqueo de integrinas celulares para determinar el papel de las interacciones célula-MEC en la migración celular, y con y sin inhibidores de metaloproteinasas (MMP) para comprender el papel de la MEC en la migración celular. Los experimentos de migración se realizaron en dos niveles de resolución. Por una parte, se realizaron experimentos a baja resolución para determinar globalmente el efecto de los parámetros analizados en la dinámica de la migración de células cancerígenas. Esto requirió detectar y seguir un gran número de células cancerígenas, con imágenes de baja magnificación (10×) utilizando microscopía de contraste de fase y de fluorescencia de campo amplio. Por otra parte, se realizaron experimentos de migración a alta magnificación (63×) para estudiar la morfología de las células cancerígenas mientras migran, midiendo el número, longitud y tiempo de vida de las protrusiones celulares producidas durante la migración. Esto requirió el uso de microscopía confocal de barrido láser. Las secuencias de microscopía de lapso de tiempo generadas en ambos tipos de experimentos se analizaron utilizando novedosas técnicas de procesamiento de imagen y de aprendizaje automático para obtener métricas cuantificables robustas de la dinámica de la migración celular y del fenotipo de migración en entornos 3D. Esta tesis describe los experimentos realizados junto con los algoritmos computacionales y de procesamiento de imagen utilizados para analizar la migración celular en imágenes de baja y alta magnificación. Proporcionamos el código fuente del software de análisis desarrollado para su uso y futura mejora algorítmica por parte de la comunidad investigadora.

Micro-Inmunoterapia

Parada de Dadun

Mañana miércoles 5 de junio a las 08.00 h. habrá una breve parada de Dadun por motivos de mantenimiento. Disculpen las molestias

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